Doba, v ktorej má tradícia japonských origami počiatok, sa dnes už presne nedá určiť. Je však isté, že Japonci sa zoznámili s tajomstvom výroby papiera u Číňanov už začiatkom 1. tisícročia n. l., teda asi o tisíc rokov skôr ako prví Európania. V najstarších dobách boli papierové skladačky v Japonsku využívané pri náboženských obradoch a pri výzdobe šintoistických svätýň. Šintó je tradičné japonské náboženstvo, v ktorom je uctievaná bohyňa Slnka, najrôznějšié božstvá, ale aj zvieratá a rozprávkové bytosti.
Papierové retiazky poskladané podľa presných pravidiel sa vešajú s trsmi slamy na „výstražných" šnúrach šimenawa, ktoré označujú hranicu posvätného územia svätyne, za ktorú môže vstúpiť iba kňaz. Podobné šnúry s papierovými skladačkami visia aj pred vchodmi do japonských domov, kde symbolizujú skutočnosť, že je dom očistený a pripravený k novoročným oslavám. Ako zábava sa začali papierové skladačky v Japonsku šíriť až niekedy v 17. storočí.
Zmienky o nich sa objavujú i v rôznych literárnych dielach v 18. a 19. storočí, takže vieme, že už vtedy Japonci poznali asi sedemdesiat druhov skladačiek. Boly to rôzne zvieratká, rozprávkové bytosti i jednoduché ozdoby. Už vtedy sa však formovala základná zásada japonských origami: nie verne kopírovať tvar skutočných predmetov, ale iba ich zjednodušene symbolizovať. Hlavný dôraz sa pritom kladie na to, aby výsledná podoba bola jednoduchá a pôsobila esteticky vyváženým dojmom.